| c32 standard | sjd standard | Inbred lines to ZIRC | |||||||||
| Linkgage | 0 | 1 | |||||||||
| Group | Position | allele size from web site (zfish. | SJC | SJA | SJD | when scores of tested strains match | |||||
| annealing | Primers | (cM) | wustl.edu) or archival assays | (c32) | (ab) | those of standards, c32=0 and sjd=1 | |||||
| temps | LG 1 | ||||||||||
| 55 | z9217 | 10 | 180 | 150 | 0 | 0 | 1 | alleles are listed as 0 or 1 if match our standard DNA | |||
| 60 | fc27h08 | 24 | 120 | 290 | 0 | 0/1 | 1 | for C32 or SJD, respectively | |||
| 55 | z1154 | 43 | 240 | 180 | 0 | 300 | 1 | otherwise we show PCR product size | |||
| z11154 | 67 | 290 | 450 | 0 | 330 | 1 | |||||
| 55 | z24694 | 70 | 190 | 210 | 0 | 230 | 1 | ||||
| 55 | z6802 | 80 | 190 | 210 | 0 | 0/220 | 1 | ||||
| 60 | z22347 | 95 | 150 | 120 | 0 | 210 | 1 | ||||
| LG 2 | |||||||||||
| 60 | z1484 | 0 | 190 | 180 | 0/1 | 0/160 | 1 | ||||
| 55 | z4469 | 18 | 170 | 190 | 0 | 150 | 1 | ||||
| 55 | z4662 | 46 | 280 | 260 | 0 | 1 | 1 | ||||
| 60 | z13281 | 64 | 150 | 180 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z1406 | 84 | 200 | 280 | 0 | 0/210 | 1 | ||||
| 55 | z7358 | 103 | 190 | 210 | 0 | 0 | 1 | ||||
| LG3 | |||||||||||
| 55 | z3929 | 3 | 110 | 200 | 0 | 130 | 1 | ||||
| 60 | z3439 | 28 | 240 | 260 | 0 | 300 | 1 | ||||
| 55 | gof14 | 39 | no amp | 310 | no amp | 180 | 1 | ||||
| 60 | z22555 | 77 | 250 | 150 | 0 | 180 | 1 | ||||
| 60 | z3725 | 95 | 260 | 290 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z1401 | 129 | 220 | 200 | 0 | 390 | 1 | ||||
| LG 4 | |||||||||||
| 60 | z20533 | 10 | 230 | 200 | 0 | 220 | 1 | ||||
| 55 | z6908 | 20 | 290 | 300 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z11876 | 30 | 180 | 185 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z20450 | 55 | 280 | 290 | 0 | 0/1 | 1 | ||||
| 55 | z984 | 95 | 210 | 205 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z25562 | 111 | 250 | 380 | 0 | 0/300 | 0/1 | ||||
| LG 5 | |||||||||||
| 60 | z3902 | 11 | 210 | 200 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z5552 | 36 | 220 | 200 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z6614 | 61 | 190 | 210 | 0 | 200/160 | 1 | ||||
| 60 | z13866 | 78 | 210 | 280 | 0 | 0 | 0/1 | ||||
| 55 | z5538 | 107 | 210 | 310 | 0 | 0 | 0 | ||||
| 60 | z4299 | 133 | 280 | 300 | 0 | 0/320 | 1 | ||||
| 55 | z34450 | 145 | 200 | 180 | 0 | 0 | 1 | ||||
| LG 6 | |||||||||||
| 55 | z1265 | 0 | 160 | 150 | 0 | 155 | 1 | ||||
| 60 | z9870 | 32 | 120 | 140 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z20932 | 52 | 210 | 300 | 0 | 290 | 1 | ||||
| 60 | z10183 | 74 | 280 | 210 | 0 | 240 | 1 | ||||
| 60 | z1050 | 100 | 200 | 210 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z19665 | 121 | 180 | 170 | 0 | 185 | 1 | ||||
| 60 | gof20 | 141 | 240 | 260 | 0 | 0 | 1 | ||||
| LG 7 | |||||||||||
| 55 | z177 | 2 | 150 | 120 | 0/1 | 110 | 1 | ||||
| 60 | z8252 | 29 | 220 | 200 | 0 | 1 | 1 | ||||
| 55 | z4999 | 55 | 260 | 290 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z10487 | 83 | 130 | 110 | 0 | 100 | 1 | ||||
| 55 | z8604 | 98 | 280 | 250 | 0 | 0/330 | 0/1 | ||||
| 60 | z1239 | 125 | 180 | 220 | 0 | 1/270 | 1 | ||||
| 60 | z1535 | 141 | 140 | 120 | 0 | 1 | 1 | ||||
| 60 | fj30f10 | 162 | 110 | 190 | 0 | 0 | 1 | ||||
| LG 8 | |||||||||||
| 60 | z1637 | 0 | 180 | 150 | 0 | 130 | 1 | ||||
| 60 | z9420 | 12 | 320 | 150 | 0 | 155 | 1 | ||||
| 55 | z987 | 29 | 200 | 280 | 0/120 | 0 | 0/1 | ||||
| 55 | z789 | 66 | 195 | 210 | 0 | 0 | 0/1 | ||||
| 60 | fk30a11 | 75 | 140 | 180 | 0 | 120 | 0/1 | ||||
| 58 | z8703 | 101 | 300 | 280 | 0 | 0 | 1 | ||||
| LG 9 | |||||||||||
| 60 | z10130 | 2 | 240 | 190 | 0/1 | 0/300 | 1 | ||||
| 60 | z5080 | 43 | 210 | 310 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z1660 | 54 | 250 | 240 | 0 | 260 | 1 | ||||
| 60 | z10789 | 79 | 180 | 200 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z7807 | 89 | 250 | 230 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z106 | 116 | 195 | 190 | 0 | 185 | 1/200 | ||||
| LG 10 | |||||||||||
| 60 | z9208 | 2 | 200 | 180 | 0 | 170 | 1 | ||||
| 60 | z8146 | 14 | 180 | 200 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z3835 | 42 | 150 | 200 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z11229 | 72 | 110 | 130 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z14193 | 97 | 230 | 160 | 0 | 180 | 1 | ||||
| 60 | z6754 | 105 | 160 | 120 | 0 | 140 | 1 | ||||
| LG 11 | |||||||||||
| 60 | z3527 | 8 | 210 | 310 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z7517 | 21 | 210 | 200 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z8032 | 30 | 150 | 160 | 0 | 155/140 | 1 | ||||
| 55 | z3412 | 58 | 180 | 150 | 0 | 140 | 0/1 | ||||
| 60 | z22038 | 72 | 190 | 210 | 0 | 195 | 0/1 | ||||
| 60 | z13411 | 88 | 280 | 300 | 0 | 200 | 1 | ||||
| 60 | z3362 | 100 | 190 | 210 | 0 | 180 | 1 | ||||
| LG 12 | |||||||||||
| 60 | z1176 | 0 | 240 | 270 | 0/1 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z6920 | 25 | 220 | 225 | 1 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z1473 | 37 | 100 | 120 | 1 | 1 | 1 | ||||
| 60 | z4188 | 68 | 190 | 220 | 0 | 210 | 1 | ||||
| 60 | z3801 | 77 | 160 | 140 | 0 | 150 | 1 | ||||
| 60 | z10364 | 90 | 200 | 180 | 0 | 175 | 1 | ||||
| 55 | z1312 | 112 | 120 | 220 | 0 | 180 | 1 | ||||
| LG 13 | |||||||||||
| 55 | z1531 | 0 | 210 | 300 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z9564 | 20 | 170 | 180 | 0 | 0 | 0/1 | ||||
| 55 | z5395 | 42 | 210 | 180 | 0/1 | 215 | 0/1 | ||||
| 60 | z13250 | 59 | 210 | 290 | 0 | 0 | 0/1 | ||||
| 60 | z6657 | 95 | 130 | 190 | 0/1 | 170/120 | 1 | ||||
| 55 | fj03e12 | 110 | 120 | 100 | 0 | 0 | 1 | ||||
| LG 14 | |||||||||||
| 60 | z8471 | 5 | 300 | 200 | 0 | 0/250 | 1 | ||||
| 55 | z41025 | 39 | 150 | 130 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z11725 | 55 | 250 | 240 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z1688 | 87 | 300 | 290 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z618 | 110 | 150 | 200 | 0 | 170 | 1 | ||||
| LG 15 | |||||||||||
| 55 | z34706 | 8 | 200 | 250 | 0 | 240 | 1 | ||||
| 60 | z21982 | 30 | 200 | 180 | 0 | 0 | 0/1 | ||||
| 60 | z3358 | 54 | 280 | 310 | 0/1 | 300 | 1 | ||||
| 55 | z9189 | 68 | 290 | 240 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z13822 | 84 | 160 | 150 | 0 | 1 | 1 | ||||
| 55 | z5223 | 110 | 180 | 210 | 0 | 0 | 1 | ||||
| LG 16 | |||||||||||
| 60 | z1642 | 0 | 210 | 230 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z21155 | 24 | 140 | 110 | 0 | 115 | 0/1 | ||||
| 60 | z3104 | 54 | 250 | 300 | 0 | 370 | 0/1 | ||||
| 60 | z10632 | 85 | 190 | 220 | 0 | 0/210 | 1 | ||||
| 60 | z4670 | 98 | 190 | 150 | 0 | 0/1 | 1 | ||||
| 55 | z15453 | 116 | 205 | 195 | 0/210 | 210 | 1 | ||||
| LG 17 | |||||||||||
| 55 | z652 | 0 | 120 | 130 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z1490 | 10 | 205 | 200 | 1 | 1/210 | 1 | ||||
| 60 | z22674 | 33 | 180 | 200 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z15715 | 57 | 140 | 110 | 0 | 120 | 1 | ||||
| 55 | z1408 | 69 | 220 | 400 | 0 | 410 | 1 | ||||
| 60 | z4053 | 78 | 200 | 210 | 0 | 205 | 1 | ||||
| 55 | z3123 | 104 | 140 | 160 | 0 | 1 | 1 | ||||
| LG 18 | |||||||||||
| 55 | z5231 | 12 | 120 | 110 | 0 | 0 | 0 | ||||
| 55 | z13329 | 21 | 240 | 220 | 0 | 250 | 0/1 | ||||
| 60 | z8488 | 45 | 120 | 200 | 0 | 140 | 1 | ||||
| 60 | z737 | 71 | 180 | 170 | 0 | 0/165 | 1 | ||||
| 60 | z9941 | 101 | 280 | 310 | 0 | 0/300 | 1 | ||||
| 60 | z1417 | 124 | 140 | 130 | 0 | 135 | 1 | ||||
| LG 19 | |||||||||||
| 60 | z1625 | 3 | 220 | 150 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z3782 | 24 | 120 | 190 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z3816 | 52 | 160 | 170 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z22532 | 65 | 230 | 320 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z6661 | 92 | 150 | 140 | 0 | 0 | 1 | ||||
| LG 20 | |||||||||||
| 60 | z9334 | 6 | 130 | 150 | 0/1 | 140 | 1 | ||||
| 55 | z3824 | 44 | 210 | 270 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z10756 | 55 | 200 | 230 | 0/1 | 190 | 1 | ||||
| 60 | z9794 | 76 | 210 | 180 | 1 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z7171 | 100 | 300 | 220 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z374 | 113 | 180 | 200 | 0 | 0 | 1 | ||||
| LG 21 | |||||||||||
| 55 | z14506 | 8 | 180 | 200 | 0 | 1 | 190/1 | ||||
| 55 | z7423 | 22 | 290 | 340 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z21106 | 52 | 290 | 310 | 0 | 300 | 1 | ||||
| 60 | z4425 | 72 | 180 | 150 | 0 | 160/130 | 1 | ||||
| 55 | z42626 | 95 | 290 | 210 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z11113 | 110 | 190 | 240 | 0/220 | 220/200 | 1 | ||||
| LG 22 | |||||||||||
| 55 | z11752 | 0 | 150 | 180 | 0 | 0 | 0/1 | ||||
| 60 | z10673 | 20 | 280 | 210 | 0 | 310 | 1 | ||||
| 55 | z13223 | 46 | 210 | 180 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z11679 | 57 | 190 | 200 | 0 | 230 | 0 | ||||
| 60 | z28677 | 100 | 290 | 310 | 0 | 0 | 1 | ||||
| LG 23 | |||||||||||
| 60 | z11407 | 0 | 260 | 210 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z4003 | 22 | 230 | 220 | 0 | 0/250 | 1 | ||||
| 60 | z20039 | 42 | 180 | 170 | 0/1 | 200 | 1 | ||||
| 55 | z4421 | 68 | 200 | 180 | 0/1 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z3525 | 94 | 160 | 180 | 1 | 0 | 1 | ||||
| 55 | fc96f03 | 114 | 120 | 150 | 0/1 | 170 | 1 | ||||
| LG 24 | |||||||||||
| 55 | z1584 | 6 | 180 | 190 | 0 | 1 | 1 | ||||
| 60 | z9852 | 29 | 280 | 260 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | z249 | 59 | 150 | 140 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 60 | z9325 | 74 | 210 | 250 | 0 | 0 | 1 | ||||
| LG 25 | |||||||||||
| 55 | z11092 | 0 | 180 | 140 | 0 | 0 | 1 | ||||
| 55 | gof1 | 19 | 180 | 210 | 0 | 140 | 1 | ||||
| 60 | z20832 | 39 | 210 | 290 | 0 | 0/220 | 1 | ||||
| 60 | z8224 | 54 | 230 | 260 | 0 | 0/250 | 1 | ||||
| 60 | z3528 | 81 | 190 | 240 | 0 | 170 | 1 | ||||
| 60 | z1431 | 108 | 180 | 210 | 0 | 190 | 1 | ||||
| Total polymorph.: | 15/151 | 24/151 | 18/151 | ||||||||
| fixed for sjD allele | 4 | 8 | 130 | ||||||||
| fixed for sjC allele | 133 | 64 | 3 | ||||||||
| fixed for other allele | na | 55 | na | ||||||||
| Note: we imagine that correspondence of sjA bands to that of sjD | |||||||||||
| is coincidental, and doesn't indicate identity by descent. In | |||||||||||
| constrast, because sjC and sjA are each derived primarily from | |||||||||||
| AB, we imagine that the majority of segments with shared allele | |||||||||||
| sizes are identical by descent from an origin in the AB line of | |||||||||||
| Walker. | |||||||||||