#!/usr/bin/perl 

use strict;

#############
#usage stuff#
#############

if (@ARGV != 2) {
    die "\nUsage: perl normalize.pl <data> <outfile>\n\n";
}


###################################################################################################
# Get the first file name and open an instream to it.  Open an outstream to the  second file name.#
#Also get the user input for thresholds.                                                          #
###################################################################################################
my $infile = shift @ARGV;
my $outfile = shift @ARGV;
open (IN, "<$infile") or die "couldn't open file: $infile\n";
open (OUT, ">$outfile") or die "couldn't write to $outfile\n";

###################################################
#Keep track of index (which) number gene we're on.#
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my $index = 0;

my @name;   # 1D array of names
my @Data;   # 2D array for genes and their expression values. 

####################################
#look in each line of the instream.#
####################################
while (my $line = <IN>) {

    ###########################################
    #Unless the line begins with Y, ignore it.#     
    ###########################################

	if ($line =~ /^(Y\S+)\s+/){
		   
	    #############################################################################
	    #Split the line into an array.  Shift off the first element of the array and# 
	    #store it in the array name.
	    #############################################################################

	    my @array = split /\s+/, $line;
	    $name[$index] = shift @array;

	    ##########################################################################
            #Get the length of what is left of the array and store it in the 2D array#
            #called Data.
            ##########################################################################

            @{$Data[$index]} = @array;

#
#           Alternate, but messier way of accomplishing the same
#
#	    my $length = @array;
#	    for($i=0;$i<$length;$i++){
#		$Data[$index][$i]=$array[$i];
#	    }
#
	    $index++;
	}
    }

##################
#close the infile#
##################

close IN;

#########################################################
#Since index started at 0, $index = the number of genes.#
#########################################################
my $number_genes = $index;

##################
#For each gene...#
##################
for(my $i=0;$i<$number_genes;$i++){
    
    my $length = scalar (@{$Data[$i]});

    ################################################################
    #Print the name of the gene (now you see why I saved the names)#
    ################################################################

    print OUT $name[$i];

    ########################################################################################
    #The normalization factor is sqrt($Data[0]^2 + $Data[1]^2 + ... + $Data[$length - 1]^2)#
    #So lets do that.
    ########################################################################################
    
    my $total = 0;
    for(my $j=0;$j<$length;$j++){
	$total = $total + $Data[$i][$j]**2;
    }
   my $norm = sqrt($total);

    ##############################################
    #Print the normalized values to the OUT file.#
    ##############################################

    for(my $j=0;$j<$length;$j++){
        print OUT "\t".$Data[$i][$j]/$norm;
    }
    print OUT "\n";
}

###################
#close the outfile#
###################

close OUT;